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哥斯拉掉入三原山之后，日本过了5年平安的日子，但是自卫队为了以防万一，打算以哥斯拉的细胞为成分制造对抗哥斯拉的武器"抗核细菌"(ANB)，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器"Super_X"改造

一名学生返回神户过暑假。到达那里后，他遇到了他的朋友拉特，在老地方闲逛，听着海滩男孩的音乐，并遇到了一个神秘的双胞胎女孩。